Microbiology Laboratory Turkey

Mikrobiyoloji Ile Ilgili Tüm Konuların Kısa ve Öz Anlatımları. Microbiology Lab Information.

Bu Blogda Ara(SEARCH)

MicroLab

agar etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
agar etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

2 Ocak 2019 Çarşamba

Ocak 02, 2019

BESİYERİ HAZIRLAMA

BESİYERİ HAZIRLAMA


Besiyeri Hazırlık Aşamaları

Piyasada farklı amaçlar için kullanılan yüzlerce besiyeri çeşidi vardır. Aynı amaç için kullanılan farklı besiyeri çeşitleri de mevcuttur bu nedenle besiyerleri çok farklı şekillerde hazırlanabilir fakat temel basamaklar değişmemekte, basamaktaki yöntem, şekil, süre gibi unsurlar değişebilmektedir. 


Genel olarak besiyeri hazırlamada temel işlem basamakları; besiyeri hazırlama ön işlemleri (besiyeri seçimi, hacmi ve tartılacak dehidre besin maddesi miktarlarının hesaplanması gibi), tartım, çözündürme, berraklaştırma, pH ayarlama, sterilizasyon ve sterilizasyon sonrası işlemler şeklindedir.


Tartım
Tartımın yapılacağı terazinin duyarlılığı, besiyerinin hazırlanış şekli ile doğrudan ilgilidir. Günlük kullanım için genel olarak 0,1 gram duyarlılığındaki terazi yeterli olacaktır. Tartım için özel tartım kayıkçıkları ya da küçük beherler kullanılmalı, doğrudan erlen ya da balona tartımdan olabildiğince kaçınılmalıdır. Özellikle bileşimden hazırlamalarda tartım sırasında her madde için temiz spatül (kaşık) kullanılması, besiyeri ve/veya besiyeri bileşenlerinin kapakları açıldıktan sonra hata yapmamaya özen gösterilerek tartımın elden geldiğince çabuk bitirilmesi ve besiyeri kapağının sıkıca kapatılması gerekir.



Çözündürme
Besiyerine ilave edilecek su ayrı bir mezürde bulundurulmalıdır. Prensip olarak kullanılacak suyun hacmi ile mezurun hacmi birbirine yakın olmalıdır. Suyun yaklaşık 1/3'ü uygun bir kaba aktarılır ve bunun üzerine tartılmış dehidre besiyeri ilave edilir. Bu uygulama ile cam kabın tabanına dehidre besiyerinin yapışarak erimemesine bağlı sterilizasyon hatalarının önüne geçilir. Suyun geri kalan kısmı, cam kap boğazında ve iç çeperlerde kalabilen besiyeri parçacıkları yıkanarak kaba ilave edilir. Bazı besiyerleri soğuk suda kendi hâlinde 5-10 dakika bırakılıp elle hafifçe bir çalkalama sonunda tümüyle eriyebilir. Bazı besiyerleriyse sıvı formda olsalar bile eritilmeleri için mutlaka ısıtılması gerekir. Agarlı besiyerleri, hazırlandığı kapta otoklavlanacak olsa bile önce agarın erimesini sağlayacak şekilde ısıtılmalı, iyice karıştırılıp sonra otoklavlanmalıdır. Isıtma işleminde genellikle benmari, ısıtıcı tabla gibi cihazlardan yararlanılır. Isıtıcı tabla kullanılıyorsa manyetik karıştırıcılı olanlar tercih edilmelidir aksi hâlde sürekli elle karıştırılıp erlen dibinde kalabilecek erimemiş parçaların yapışmasına ve yanmasına engel olunmalıdır. Erlen, açık alevde ısıtılarak besiyeri eritme yoluna gidilmemelidir.



Berraklaştırma
Ürediklerinde bulanıklık oluşturan mikroorganizmaların tanımlanmalarında kullanılan ve doğal çökelti maddeleri içeren besiyerleri berraklaştırılır. Besiyeri, adi filtre kâğıdından veya pamuktan geçirilerek, santrifüjlenerek veya kapta bekletilerek kaba partiküllerin çöktürülmesi ile berraklaştırılabilir. Besiyerinde çökelmiş veya çözünmemiş parçacıklar mikroorganizma gelişmesinin değerlendirilmesinde yanıltıcı olabilir. 



pH Ayarlama
Besiyeri pH'ı denince sterilizasyon sonrası oda sıcaklığındaki (25 °C) pH değeri anlaşılır. Yöntemine uygun depolanmış ve raf ömrü bitmemiş ticari dehidre besiyerlerinde nötral su ve temiz cam malzeme kullanılması, besiyerinin doğru hazırlanması ve sterilizasyonun sulandırmadan sonra vakit geçirmeden yapılması ile besiyeri pH'ında bir sorun çıkmaz.
Besiyerinin pH’ı otoklavlanmadan önce ayarlanacaksa 0,2-0,4 kadar yüksek ayarlanmalıdır çünkü otoklavdan sonra besiyerinin pH’ı bir miktar düşebilir. Sterilizasyon sonrasında pH ayarlanması gerekliyse aseptik koşullarda alınacak belirli bir hacimdeki besiyerinde titrasyon ile pH ayarlaması yapılır, basit orantı ile asıl kaptaki besiyerine ilave edilecek asit ya da alkali miktarı hesaplanır.


 pH ayarlaması için pH metre veya pH indikatör kâğıdı da kullanılabilir. Bunun için ölçüm ve ayar yapılacak sınırları açıkça gösteren pH kâğıdı kullanılmalıdır. pH kâğıdı ile yapılan ölçümün çok duyarlı olmadığı, sadece fikir vereceği göz önünde tutulmalıdır.
Potato dextrose agar, BAT agar örneklerinde olduğu gibi besiyerinin çok asitli olması gerekliyse sterilizasyon sonrasında asit ilave edilir. Örneğin, potato dextrose agar otoklavlanıp 45 °C'ye soğutulduğunda üzerine filtre ile sterilize edilmiş %10 tartarik asit çözeltisinden 14 mƖ/Ɩ olacak şekilde ilave edilir, karıştırılır ve petri kutularına dökülür. Bu işlem ile pH 5,6' dan 3,5' e düşürülmüş olur. 



Sterilizasyon
Kullanıma hazır steril besiyerleri ve besiyeri katkıları dışında laboratuvarda hazırlanan tüm besiyerleri ve besiyeri katkı maddeleri sterilize edilmelidir. Sterilizasyonda amaç; dehidre besiyeri, besiyeri katkıları ve besiyeri hazırlanırken kullanılan araç gereç ve ortamdan bulaşabilecek tüm mikroorganizmaları yok etmektir. Böylece besiyerinde yalnızca örnekten veya ana kültürden gelen mikroorganizmaların gelişmesi sağlanır. 
Deney tüpünde besiyeri hazırlanacaksa pH ayarlaması yapıldıktan sonra deney tüplerine dağıtılarak tüplerin ağızları pamuklanır. Tüplerin pamuklanmasında yağlı pamuk (kalaycı pamuğu) kullanılmalıdır. Hidrofil pamuk besiyerinin ve havanın nemini çekerek küflerin üremesi için elverişli bir ortam sağlayacağı için kullanımı uygun değildir ayrıca absorban pamukların, bakterilerin üremesine engel olan bazı maddeler salgıladıkları da anlaşılmıştır. 


Tüplerin ağzındaki pamuk tıpalar ne fazla sıkı ne de gevşek olmalıdır. Tüp, pamuk tıpadan tutulduğundan rahatça havaya kaldırılabilmelidir. Pamuğun tüp içinde kalan kısmı 1,5-2 cm kadar, besiyerine olan uzaklığı da en az 1,5 cm olmalı, besiyeri ile temas etmemelidir.
 Besiyerlerinin sterilizasyonunda genel olarak otoklavda basınçlı buhar altında sterilizasyon yöntemi kullanılır. Bu yöntemle steril edilemeyen bazı besiyerlerindeyse kaynatma, çok nadiren tindalizasyon ve membran filtrasyon yöntemi uygulanmaktadır. Işınlama ise pratik olarak uygulanacak bir yöntem değildir, sadece özel amaçlı dehidre besiyeri üretiminde kullanılır. Besiyerleri ve çözeltiler gibi sıvıların kuru sıcakta sterilize edilmesi söz konusu değildir.

Petri kaplarında besiyeri hazırlanacaksa besiyerinin erlen veya balon içinde sterilize edilmesi gerekir. Petri kapları içinde sterilizasyon işlemi yapılmaz. Erlen veya balonun ağzı da pamuk tıpalarla kapatılır. Büyük pamuk tıpaların tülbente sarılıp üstten bağlanmaları veya aliminyum folyo ile kaplanmaları gerekir. Böylece pamuk liflerinin aralarındaki boşluklardan besiyerinin kontamine olması engellenebilir. Burgulu kapaklar ise besiyeri otoklava girmeden önce yarı açık bırakılmalı, otoklavdan çıkartıldıktan sonra tamamıyla kapatılmalıdır. 


 Besiyeri Hazırlarken Dikkat Edilecek Hususlar

Besiyeri hazırlarken aşağıda belirtilen hususlara dikkat etmek gerekir. 
  • Besiyerleri üretici firma tarafından belirtilen şekilde hazırlanmalıdır.
  • Aynı isimdeki besiyerine ait farklı marka ürünlerin hazırlanmasında farklılıkların (sterilizasyon yöntemi, tartılacak miktar gibi) olabileceği unutulmamalıdır. 
  • Katkı ilave edilecek besiyerleri içine manyet (balık) ilave edilmeli, bu şekilde sterilize edilmelidir. 
  • Agarlı besiyerleri otoklavlama öncesinde mutlaka kaynar su banyosunda ya da mikrodalga fırında eritilmeli sonra otoklavlanmalıdır ancak besiyeri hazırlanmasında otoklav kullanılmıyor ise bu koşul geçersizdir, ilgili besiyerinin hazırlanması ile ilgili talimata uyulmalıdır. 
  • Agarlı besiyerlerinin otoklav sonrası tekrar eritilmesi ile besiyeri performansında azalma olacağı unutulmamalıdır. Bu performans kaybı besiyerinin bileşimi ile doğru orantılıdır. Genel olarak plate count agar gibi basit bileşimli besiyerleri daha az zarar görür. Otoklavlanmadan ve sadece ısıtılarak sterilize edilen besiyerleri (Örneğin rambach agar) tekrar eritilmez. Besiyerine katkı ilave edilmiş ise tekrar eritilmez. 
  • Besiyeri hazırlanmasında distile su kullanılmalıdır. 
  • Otoklav sonrası katkı ilave edilecek ise sıvı besiyerinin oda sıcaklığına gelmesi beklenir. Agarlı besiyeri ise bir süre oda sıcaklığında tutulup yaklaşık 50 oC' de soğuduğunda 45 oC' deki su banyosuna alınır, bu sıcaklığa düştüğü zaman daha önce oda sıcaklığına getirilen katkı ilave edilir, tercihen manyetik karıştırıcıda katkı ile besiyeri yavaşça karıştırılır ve petri kutularına dökülür. Karıştırma işleminin anafor olacak düzeyde yüksek devirde yapılmamasına özen gösterilmelidir aksi hâlde oluşacak hava kabarcıkları da petri kutusuna geçer ve daha sonra yapılacak çalışmaları zorlaştırır. 
  • Agarlı besiyerine otoklav sonrası buzdolabında korunmakta olan katkı ilave edilecekse katkının soğuk olması hâlinde yer yer donmalar görülür. Bu nedenle katkı, önceden oda sıcaklığına getirilmelidir. 
  • Sterilize edilmiş besiyerlerinin kontamine edilmemesine özen gösterilmeli, kuşku duyulursa bu besiyerleri asla kullanılmamalıdır. 
  • Otoklavlama süresi besiyerinin hacmi, kullanılan cam kapların et kalınlığı, besiyerinin agarlı olup olmamasına göre belirlenmelidir. 
  • Besiyeri hazırlandıktan sonra bekletilmeden sterilize edilmelidir. Dehidre besiyeri ve/veya besiyeri bileşenleri ile cam kaplar, su, tartım ekipmanı vb. materyalde mikroorganizma bulunması doğaldır. Bunlar hazırlanmış besiyerinde hızla gelişerek besiyerinde başta pH değişmesi olmak üzere bir seri olumsuzluklar meydana getirir. Buna bağlı olarak hazırlanmış besiyerleri en geç 1 saat içinde sterilize edilmelidir. 
  • Tüm besiyerleri ısıya duyarlı olan pepton ya da ekstraktlar içerir. Bu nedenle aşırı ısı girişinden kaçınılmalıdır. Pepton ve şekerleri içeren besiyeri aşırı ısıl işlem görürse karamelleşme oluşur. Bu şekilde kararmış besiyerleri analizlerde kullanılmamalıdır. 
  • Kullanılacak besiyerleri ile önceden kullanılmış ve yıkama öncesi sterilize edilecek besiyerleri aynı anda otoklavlanmamalıdır.

15 Ekim 2018 Pazartesi

Ekim 15, 2018

MACCONKEY AGAR (TÜRKÇE)

MacConkey Agar

MacConkey Agar, laktozu fermente etmeyen bakteriler ve koliformların biribirinden ayrımı için önerilen, gram pozitif bakterilerin inhibisyonunu sağlayan seçici besiyeridir.

MacConkey (MAC) agar, klinik materyallerin bir çoğundan elde edilen aerop veya fakültatif aerop  gram negatif basillerin kültürü için selektif ve ayırıcı bir besiyeridir ; MAC agar: protein, safra  tuzları, NaCL, Iaktoz, agar ve iki boya ihtiva eder. MAC agarın selektif etkisi kristal viyole ve safra  tuzlarına bağlıdır. Bunlar birçok gram pozitif bakteri türlerini inhibe eder. Gram negatifler ise  genellikle bu besiyerinde iyi ürer ve laktoz fermentasyonlarına göre tiplendirilirler. Laktoz  fermentasyonu yapanlar kırmızı-pembe koloniler yapar ve asid nedeniyle çöken safraya bağlı bir  zonla çevrilidir. Kırmızı, renk laktozdan asid oluşumu, nötral kırmızısının absorbsiyonu vs nihayet  ortamın pH' ı 6.8 in altına düştüğünde meydana gelen renk değişimi sonuçlarında husule gelir.  
Laktoz fermentasyonu yapmayan Salmonella ve Shigella gibi türler renksiz ve saydam koloniler  yapar. Tipik olarak ortamın rengi değişmez. Yersinia enterocolitica oda ısısında inkübe edilirse  küçük, laktoz fermentasyonu yapmayan koloniler oluşturur. E. coli MacConkey agarda laktozu  parçalayıp 44°C'de gaz teşkil eder. Böylece dışkıda E. coli suşlarının diğer koliforrn bakterilerden  ayrımı sağlanır. Kristal viyole koymadan hazırlanan MacConkey besiyerinde Mycobacteria'da ürer.



12 Ekim 2018 Cuma

Ekim 12, 2018

BLOOD AGAR

BLOOD AGAR PLATES

Blood agar is actually a couple of related media, all of which are rich formulations containing peptones, yeast extracts, liver or heart extracts (depending on the medium), and blood.  The blood is usually sheep's red blood cells (RBC), though horse and other species may be used.  Blood agar is used to grow fastidious organisms (species that do not grow easily) requiring a rich media providing many nutrients and growth factors that are largely supplied by blood.  It is also a differential media in allowing the detection of hemolysis (destroying the RBC) by cytolytic toxins secreted by some bacteria, such as certain strains of Bacillus, Streptococcus, Enterococcus, Staphylococcus, and Aerococcus. 

Blood agar plates are routinely used in the clinic to test for pathenogenic bacteria in throat swabs.  These throat pathogens are often Gram positive cocci that may be hemolytic, producing exotoxins called hemolysins that destroy blood cells.  One such pathogen that BAP can detect is Streptococcus pyogenes which causes a number of diseases including strep throat, rheumatic fever, and necrotizing fascitis.  


Aim of Test:  blood agar plates allow for the growth of fastidious organisms and the differentiation of cells according to three hemolytic activities:

The Three Types of Hemolytic Activities:
➤ a clear zone around bacterial growth -RBC hemolyzed completely (Beta-hemolysis and pathogenic)
➤ a greenish zone around growth -RBC partially hemolyzed (Alpha-hemolysis)
➤ no change around growth -blood is not hemolyzed (Gamma-hemolysis or no hemolysis)



Procedure for Testing an Unknown:
➧ The BAP test may be used to either test a throat culture or an unknown bacterial species for hemolytic activity.
➧ If an unknown species of bacteria is to be tested, divide a BAP plate in thirds.
➧ Inoculate one third with the unknown, one third with a negative control (such as E. coli), and one third with a positve control (such as Bacillus cereus).
➧ It is best to streak your bacteria in a long W pattern using your inoculating needle with plenty of space between the streak lines.  This will put some space between the streaks making it easier to observe the results.  If there is too much growth, which may happen with a swab, waste products may accumulate which may lyse the blood giving the appearance of hemolytic toxins when they are not actually present.
➧ If a candle jar is not available, take a needle and stab a region of heavy inoculation to inoculate bacteria under the agar surface.  This allows for growth of the bacteria under reduced oxygen.  If a candle jar is available (or some other means to reduce the oxygen), do not stab the plates and incubate them in a candle jar.  The cultures are put in the jar, a lit candle is added, the lid is put on tightly, the candle uses up most of the oxygen and goes out, and then the jar is incubated under reduced oxygen.).  Some hemolysins are oxygen sensitive, so the bacteria should be grown and tested under reduced oxygen.  Both the stab and the candle jar reduce the oxygen allowing for the the testing of oxygen sensitive hemolysins.  Oxygen stable hemolysins are not affected by either treatment.
➧ Incubate the plates for 24 hours at 35 degrees. 



Procedure for Testing a Throat Culture:
⇒ If using a throat culture, obtain a swab of the throat and inoculate it in a small area on a BAP plate.
⇒ It is not required but is a good idea to streak the rest of the plate with a loop to try to isolate colonies from the throat culture.  Alternatively, one may swab the entire plate with the throat culture.
⇒ If a candle jar is not available, take a needle and stab a region of heavy inoculation to allow anaerobic growth of the bacteria or at least growth with reduced oxygen.  Otherwise, do not bother with the stabbing and incubate appropriately labeled plates in a candle jar.  (See above.)
⇒ Incubate the plates for 24 hours at 35 degrees.


Results:
Observe your plates for hemolytic activity and record your results as alpha, beta, or gamma (α, β, γ).  Holding the plate up to a light source helps.

Instructor Notes:
Different types of blood (sheep versus horse, etc.) can affect the hemolytic activity of strains.  Optimal hemolytic activity occurs under reduced or anaerobic conditions, but this is often not required.  Hemolytic activity is much easier for students to read and interpret with the use of a candle jar compared to stabbing into the agar, so this method is recommended.  Over incubation of the plates may cause overgrowth which may cause waste products to accumulate which may lyse the blood giving the appearance of hemolytic toxins when they are not actually present.  Many enterics give false hemolytic activity when overgrown.  The plates can be refrigerated if needed to prevent over incubation.

INSTAGRAM

FACEBOOK 

TWITTER