Microbiology Laboratory Turkey

Mikrobiyoloji Ile Ilgili Tüm Konuların Kısa ve Öz Anlatımları. Microbiology Lab Information.

Bu Blogda Ara(SEARCH)

MicroLab

mikroorganizma etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
mikroorganizma etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

2 Ocak 2019 Çarşamba

Ocak 02, 2019

BESİYERİ HAZIRLAMA

BESİYERİ HAZIRLAMA


Besiyeri Hazırlık Aşamaları

Piyasada farklı amaçlar için kullanılan yüzlerce besiyeri çeşidi vardır. Aynı amaç için kullanılan farklı besiyeri çeşitleri de mevcuttur bu nedenle besiyerleri çok farklı şekillerde hazırlanabilir fakat temel basamaklar değişmemekte, basamaktaki yöntem, şekil, süre gibi unsurlar değişebilmektedir. 


Genel olarak besiyeri hazırlamada temel işlem basamakları; besiyeri hazırlama ön işlemleri (besiyeri seçimi, hacmi ve tartılacak dehidre besin maddesi miktarlarının hesaplanması gibi), tartım, çözündürme, berraklaştırma, pH ayarlama, sterilizasyon ve sterilizasyon sonrası işlemler şeklindedir.


Tartım
Tartımın yapılacağı terazinin duyarlılığı, besiyerinin hazırlanış şekli ile doğrudan ilgilidir. Günlük kullanım için genel olarak 0,1 gram duyarlılığındaki terazi yeterli olacaktır. Tartım için özel tartım kayıkçıkları ya da küçük beherler kullanılmalı, doğrudan erlen ya da balona tartımdan olabildiğince kaçınılmalıdır. Özellikle bileşimden hazırlamalarda tartım sırasında her madde için temiz spatül (kaşık) kullanılması, besiyeri ve/veya besiyeri bileşenlerinin kapakları açıldıktan sonra hata yapmamaya özen gösterilerek tartımın elden geldiğince çabuk bitirilmesi ve besiyeri kapağının sıkıca kapatılması gerekir.



Çözündürme
Besiyerine ilave edilecek su ayrı bir mezürde bulundurulmalıdır. Prensip olarak kullanılacak suyun hacmi ile mezurun hacmi birbirine yakın olmalıdır. Suyun yaklaşık 1/3'ü uygun bir kaba aktarılır ve bunun üzerine tartılmış dehidre besiyeri ilave edilir. Bu uygulama ile cam kabın tabanına dehidre besiyerinin yapışarak erimemesine bağlı sterilizasyon hatalarının önüne geçilir. Suyun geri kalan kısmı, cam kap boğazında ve iç çeperlerde kalabilen besiyeri parçacıkları yıkanarak kaba ilave edilir. Bazı besiyerleri soğuk suda kendi hâlinde 5-10 dakika bırakılıp elle hafifçe bir çalkalama sonunda tümüyle eriyebilir. Bazı besiyerleriyse sıvı formda olsalar bile eritilmeleri için mutlaka ısıtılması gerekir. Agarlı besiyerleri, hazırlandığı kapta otoklavlanacak olsa bile önce agarın erimesini sağlayacak şekilde ısıtılmalı, iyice karıştırılıp sonra otoklavlanmalıdır. Isıtma işleminde genellikle benmari, ısıtıcı tabla gibi cihazlardan yararlanılır. Isıtıcı tabla kullanılıyorsa manyetik karıştırıcılı olanlar tercih edilmelidir aksi hâlde sürekli elle karıştırılıp erlen dibinde kalabilecek erimemiş parçaların yapışmasına ve yanmasına engel olunmalıdır. Erlen, açık alevde ısıtılarak besiyeri eritme yoluna gidilmemelidir.



Berraklaştırma
Ürediklerinde bulanıklık oluşturan mikroorganizmaların tanımlanmalarında kullanılan ve doğal çökelti maddeleri içeren besiyerleri berraklaştırılır. Besiyeri, adi filtre kâğıdından veya pamuktan geçirilerek, santrifüjlenerek veya kapta bekletilerek kaba partiküllerin çöktürülmesi ile berraklaştırılabilir. Besiyerinde çökelmiş veya çözünmemiş parçacıklar mikroorganizma gelişmesinin değerlendirilmesinde yanıltıcı olabilir. 



pH Ayarlama
Besiyeri pH'ı denince sterilizasyon sonrası oda sıcaklığındaki (25 °C) pH değeri anlaşılır. Yöntemine uygun depolanmış ve raf ömrü bitmemiş ticari dehidre besiyerlerinde nötral su ve temiz cam malzeme kullanılması, besiyerinin doğru hazırlanması ve sterilizasyonun sulandırmadan sonra vakit geçirmeden yapılması ile besiyeri pH'ında bir sorun çıkmaz.
Besiyerinin pH’ı otoklavlanmadan önce ayarlanacaksa 0,2-0,4 kadar yüksek ayarlanmalıdır çünkü otoklavdan sonra besiyerinin pH’ı bir miktar düşebilir. Sterilizasyon sonrasında pH ayarlanması gerekliyse aseptik koşullarda alınacak belirli bir hacimdeki besiyerinde titrasyon ile pH ayarlaması yapılır, basit orantı ile asıl kaptaki besiyerine ilave edilecek asit ya da alkali miktarı hesaplanır.


 pH ayarlaması için pH metre veya pH indikatör kâğıdı da kullanılabilir. Bunun için ölçüm ve ayar yapılacak sınırları açıkça gösteren pH kâğıdı kullanılmalıdır. pH kâğıdı ile yapılan ölçümün çok duyarlı olmadığı, sadece fikir vereceği göz önünde tutulmalıdır.
Potato dextrose agar, BAT agar örneklerinde olduğu gibi besiyerinin çok asitli olması gerekliyse sterilizasyon sonrasında asit ilave edilir. Örneğin, potato dextrose agar otoklavlanıp 45 °C'ye soğutulduğunda üzerine filtre ile sterilize edilmiş %10 tartarik asit çözeltisinden 14 mƖ/Ɩ olacak şekilde ilave edilir, karıştırılır ve petri kutularına dökülür. Bu işlem ile pH 5,6' dan 3,5' e düşürülmüş olur. 



Sterilizasyon
Kullanıma hazır steril besiyerleri ve besiyeri katkıları dışında laboratuvarda hazırlanan tüm besiyerleri ve besiyeri katkı maddeleri sterilize edilmelidir. Sterilizasyonda amaç; dehidre besiyeri, besiyeri katkıları ve besiyeri hazırlanırken kullanılan araç gereç ve ortamdan bulaşabilecek tüm mikroorganizmaları yok etmektir. Böylece besiyerinde yalnızca örnekten veya ana kültürden gelen mikroorganizmaların gelişmesi sağlanır. 
Deney tüpünde besiyeri hazırlanacaksa pH ayarlaması yapıldıktan sonra deney tüplerine dağıtılarak tüplerin ağızları pamuklanır. Tüplerin pamuklanmasında yağlı pamuk (kalaycı pamuğu) kullanılmalıdır. Hidrofil pamuk besiyerinin ve havanın nemini çekerek küflerin üremesi için elverişli bir ortam sağlayacağı için kullanımı uygun değildir ayrıca absorban pamukların, bakterilerin üremesine engel olan bazı maddeler salgıladıkları da anlaşılmıştır. 


Tüplerin ağzındaki pamuk tıpalar ne fazla sıkı ne de gevşek olmalıdır. Tüp, pamuk tıpadan tutulduğundan rahatça havaya kaldırılabilmelidir. Pamuğun tüp içinde kalan kısmı 1,5-2 cm kadar, besiyerine olan uzaklığı da en az 1,5 cm olmalı, besiyeri ile temas etmemelidir.
 Besiyerlerinin sterilizasyonunda genel olarak otoklavda basınçlı buhar altında sterilizasyon yöntemi kullanılır. Bu yöntemle steril edilemeyen bazı besiyerlerindeyse kaynatma, çok nadiren tindalizasyon ve membran filtrasyon yöntemi uygulanmaktadır. Işınlama ise pratik olarak uygulanacak bir yöntem değildir, sadece özel amaçlı dehidre besiyeri üretiminde kullanılır. Besiyerleri ve çözeltiler gibi sıvıların kuru sıcakta sterilize edilmesi söz konusu değildir.

Petri kaplarında besiyeri hazırlanacaksa besiyerinin erlen veya balon içinde sterilize edilmesi gerekir. Petri kapları içinde sterilizasyon işlemi yapılmaz. Erlen veya balonun ağzı da pamuk tıpalarla kapatılır. Büyük pamuk tıpaların tülbente sarılıp üstten bağlanmaları veya aliminyum folyo ile kaplanmaları gerekir. Böylece pamuk liflerinin aralarındaki boşluklardan besiyerinin kontamine olması engellenebilir. Burgulu kapaklar ise besiyeri otoklava girmeden önce yarı açık bırakılmalı, otoklavdan çıkartıldıktan sonra tamamıyla kapatılmalıdır. 


 Besiyeri Hazırlarken Dikkat Edilecek Hususlar

Besiyeri hazırlarken aşağıda belirtilen hususlara dikkat etmek gerekir. 
  • Besiyerleri üretici firma tarafından belirtilen şekilde hazırlanmalıdır.
  • Aynı isimdeki besiyerine ait farklı marka ürünlerin hazırlanmasında farklılıkların (sterilizasyon yöntemi, tartılacak miktar gibi) olabileceği unutulmamalıdır. 
  • Katkı ilave edilecek besiyerleri içine manyet (balık) ilave edilmeli, bu şekilde sterilize edilmelidir. 
  • Agarlı besiyerleri otoklavlama öncesinde mutlaka kaynar su banyosunda ya da mikrodalga fırında eritilmeli sonra otoklavlanmalıdır ancak besiyeri hazırlanmasında otoklav kullanılmıyor ise bu koşul geçersizdir, ilgili besiyerinin hazırlanması ile ilgili talimata uyulmalıdır. 
  • Agarlı besiyerlerinin otoklav sonrası tekrar eritilmesi ile besiyeri performansında azalma olacağı unutulmamalıdır. Bu performans kaybı besiyerinin bileşimi ile doğru orantılıdır. Genel olarak plate count agar gibi basit bileşimli besiyerleri daha az zarar görür. Otoklavlanmadan ve sadece ısıtılarak sterilize edilen besiyerleri (Örneğin rambach agar) tekrar eritilmez. Besiyerine katkı ilave edilmiş ise tekrar eritilmez. 
  • Besiyeri hazırlanmasında distile su kullanılmalıdır. 
  • Otoklav sonrası katkı ilave edilecek ise sıvı besiyerinin oda sıcaklığına gelmesi beklenir. Agarlı besiyeri ise bir süre oda sıcaklığında tutulup yaklaşık 50 oC' de soğuduğunda 45 oC' deki su banyosuna alınır, bu sıcaklığa düştüğü zaman daha önce oda sıcaklığına getirilen katkı ilave edilir, tercihen manyetik karıştırıcıda katkı ile besiyeri yavaşça karıştırılır ve petri kutularına dökülür. Karıştırma işleminin anafor olacak düzeyde yüksek devirde yapılmamasına özen gösterilmelidir aksi hâlde oluşacak hava kabarcıkları da petri kutusuna geçer ve daha sonra yapılacak çalışmaları zorlaştırır. 
  • Agarlı besiyerine otoklav sonrası buzdolabında korunmakta olan katkı ilave edilecekse katkının soğuk olması hâlinde yer yer donmalar görülür. Bu nedenle katkı, önceden oda sıcaklığına getirilmelidir. 
  • Sterilize edilmiş besiyerlerinin kontamine edilmemesine özen gösterilmeli, kuşku duyulursa bu besiyerleri asla kullanılmamalıdır. 
  • Otoklavlama süresi besiyerinin hacmi, kullanılan cam kapların et kalınlığı, besiyerinin agarlı olup olmamasına göre belirlenmelidir. 
  • Besiyeri hazırlandıktan sonra bekletilmeden sterilize edilmelidir. Dehidre besiyeri ve/veya besiyeri bileşenleri ile cam kaplar, su, tartım ekipmanı vb. materyalde mikroorganizma bulunması doğaldır. Bunlar hazırlanmış besiyerinde hızla gelişerek besiyerinde başta pH değişmesi olmak üzere bir seri olumsuzluklar meydana getirir. Buna bağlı olarak hazırlanmış besiyerleri en geç 1 saat içinde sterilize edilmelidir. 
  • Tüm besiyerleri ısıya duyarlı olan pepton ya da ekstraktlar içerir. Bu nedenle aşırı ısı girişinden kaçınılmalıdır. Pepton ve şekerleri içeren besiyeri aşırı ısıl işlem görürse karamelleşme oluşur. Bu şekilde kararmış besiyerleri analizlerde kullanılmamalıdır. 
  • Kullanılacak besiyerleri ile önceden kullanılmış ve yıkama öncesi sterilize edilecek besiyerleri aynı anda otoklavlanmamalıdır.

30 Kasım 2018 Cuma

Kasım 30, 2018

VDRL Testi

 VDRL (Venereal Disease Research Laboratory) Testi 

  • Venereal = zührevi = cinsel ilişkiyle bulaşan 
  • Disease  = hastalık 
  • Research = İnceleme 
  • Laboratory = laboratuvar 
Treponema pallidum olarak adlandırılan bakterinin neden olduğu sifilis, tedavi edilmediği zaman, vücudun birçok organını etkileyen çok eski çağlardan beri bilinen ve sık rastlanan cinsel yolla bulaşan hastalıklardan biridir. Halk arasında frengi olarak da adlandırılır.  

Treponema pallidum'un organizmaya girişinden yaklaşık 3 hafta sonra şankr denilen ülserel lezyonlar oluşur. Sifilise sebep olan bakteriye karşı organizmanın oluşturduğu antikorlar, (IgG ve IgM) şankr görülmesinden 4-7 gün sonra tespit edilebilir. 

VDRL'nin lamda kalitatif ve kantitatif analizi yapılır, otoanalizörde çalışılır. Günümüzde ise mikrobiyoloji laboratuvarında ve kan merkezlerinde kaset testi ile yapılır. 




INSTAGRAM

16 Kasım 2018 Cuma

Kasım 16, 2018

Mikroorganizmalar

MİKROORGANİZMALAR

Mikrobiyolojiye Giriş Canlıları inceleyen bilim dalına biyoloji denir. Canlılar üçe ayrılır. Bitkiler, hayvanlar ve mikroorganizmalar. Bitkileri inceleyen bilim dalına botanik (fitoloji), hayvanları inceleyen bilim dalına zooloji, mikroorganizmaları inceleyen bilim dalına mikrobiyoloji denir. Mikrobiyoloji tek bir çatı altında toplanamayacak kadar büyük bir bilim dalıdır. Bu nedenle çeşitli alt gruplara bölünmüştür. Genel mikrobiyoloji tüm alt bölümleri incelerken; 
  • Gıda mikrobiyolojisi 
  • Klinik (tıbbi) mikrobiyoloji 
  • Veteriner mikrobiyoloji 
  • Tarım mikrobiyolojisi 
  • Endüstriyel mikrobiyoloji gibi alt bölümler kendi konularında yoğunlaşır.
Ayrıca incelenen mikroorganizma türüne bağlı olarak da çeşitli alt dallar gelişmiştir. Bunlar algleri inceleyen fikoloji, virüsleri inceleyen viroloji, protozoonları inceleyen protozooloji, parazitleri inceleyen parazitoloji, bakterileri inceleyen bakteriyoloji, fungusları inceleyen mikoloji gibi… Mikrobiyoloji, her laboratuvar ile ilgili çalışanların bilmesi gereken ve basit bir tarif ile mikroorganizmaların yaşam koşullarını inceleyen bilim dalıdır. Yaşam koşulları bilindiğinde duruma göre bu koşullar sağlanarak mikroorganizmalardan yararlanılır ya da yaşam koşulları sağlanmaz, böylelikle mikroorganizmalar ortadan kaldırılmış olur. Örneğin, tarladaki buğdayın gelişmesi istendiği hâlde yabancı otların gelişmesi istenmez. Bu durumda buğdayın gelişmesi için gereken koşullar sağlanırken yabancı otların gelişmemesi için gereken önlemlerin alınması gerekmektedir. 

Mikroorganizmalar Hakkında Genel Bilgiler
Mikroorganizmalar, çıplak gözle görülemeyecek kadar küçüktür, ancak mikroskop yardımıyla görülebilen canlılardır. Mikroorganizmalara bakteriler, mayalar, küfler, algler örnek verilebilir. Mikroorganizmaların büyüklüklerini belirlemede metrik sisteme ait ölçü birimlerinden yararlanılır. Genel olarak virüsler nanometre (nm=10-9m) ile diğer mikroorganizmalar ise mikrometre (µm=mikron=10-6 m) ile belirtilmektedir. Genel olarak mikroorganizmaların boyutları (virüsler hariç) 0,2-0,9 x 1,0-5,0 µm arasında değişmektedir. Virüslerde ise durum biraz farklıdır. Virüslerin vücut yapılarının çok basit olması nedeniyle kesin boyut verilmesi mümkün değildir. Tahminen çocuk felci virüsü 25 nm= 0,025 µm kadardır.
Tek bir hücre, çıplak gözle görülemezken tek bir hücreden milyonlarcası çoğalarak koloni denen ve çıplak gözle görülebilen yapılar oluşur. Ekmeğin, yoğurdun üzerindeki küfler, reçelin üzerindeki mayalar, sirkenin üzerinde toplanan sirke anası, vücutta çıkan iltihaplı sivilceler ve çıbanlar, aslında koloni denen yapılardır. 
Mikroorganizmaları yararlı ve zararlı olarak sınıflandırmak mümkün değildir. İnsanların denetimi altındayken yararlı olan bir mikroorganizma başka bir yerde zararlı olabilir. Örneğin, sirke yapımında kullanılan bakteri, şarap fabrikasına bulaşırsa işletmenin tüm şarabını sirkeye çevirir ve büyük ekonomik kayba neden olur. 
Mikroorganizmaların başlıca zararları şunlardır: 
⇒Mikroorganizmalar; insanları, bitkileri ve hayvanları hasta eder, hatta öldürür. 
⇒İnsan ve hayvanlarda çeşitli zehirlenmelere neden olur. 
⇒Gıdaları bozarak kullanılamayacak hâle getirir. 
⇒Ekonomik zarara ve kayıplara neden olur. 
⇒Ürün kalitesini ve verimini düşürür. 
⇒İş gücü kayıplarına sebep olur.
Mikroorganizmaların başlıca yararları şunlardır: 
➤Doğadaki organik maddeleri çürüterek doğaya kazandırır. 
➤Çeşitli gıdalar (yoğurt, kefir gibi) ve çeşitli endüstriyel ürünler (alkol, aseton, butanol vs.) mikroorganizma yardımıyla elde edilir. 
➤Biyolojik atık su arıtımında ve biyogaz reaktörlerinde mikroorganizmalardan faydalanılır. 
➤Maden yatakları mikroorganizmalar ile ıslah edilir. 
➤Biyolojik gübre, biyoinsektisid üretiminde mikroorganizmalar kullanılır. 
➤Doğadaki C, N, P, S gibi çevrimlerde mikroorganizmalar önemlidir. 
Genetik pek çok çalışmada mikroorganizmalardan yararlanılır. 
➤Bağırsaklarda bulunan bazı mikroorganizmalar K vitamini sentezinde faydalıdır. 
➤Vücudumuzun normal florasında bulunan mikroorganizmalar zararlı mikroorganizmaların vücudumuza yerleşmesini engellemeye çalışır. 
➤Toprakta verimliliği artırır.
Mikroorganizmaların Sınıflandırılması
Mikroorganizmaların gözle görülemeyecek kadar küçük olması, bunların birçok özelliğinin saptanamamasına sebep olmaktadır. Bu durum sebebiyle yapılan sınıflandırmalar mikrobiyolojik tekniklerin gelişmesiyle yeniden düzenlenmektedir. Mikroorganizmaların çeşitli özellikleri dikkate alınarak yapılan farklı sınıflandırmalar mevcuttur.
➧Hücre yapılarına göre sınıflandırma 
  • Prokaryotik hücreye sahip olan mikroorganizmalar (bakteriler, riketsiyalar) 
  • Ökaryotik hücreye sahip olan mikroorganizmalar (mantar, maya, alg ve protozoonlar) 
  • Tam bir hücre yapısı göstermeyen, yaşamaları için gerekli metabolik aktiviteleri yetersiz olan (yaşayabilmeleri için canlı bir organizmaya ihtiyaç duyan) mikroorganizmalar (virüs ve prionlar)
➧Oksijen ihtiyaçlarına göre sınıflandırma 
  • Aerobik mikroorganizmalar: Üremeleri ve yaşamaları için havadaki oksijene ihtiyaç gösteren mikroorganizmalar, doğada diğerlerinden daha fazla bulunur. Bunlar havasız koşullar altında gelişemez. Çünkü oksijensiz ortamlarda enerji elde edebilecek mekanizmaya sahip değillerdir. Dik agar besi yerlerinde üretildiği zaman genellikle üst kısımda koloni oluşturur. 
  • Fakültatif mikroorganizmalar: Bu gruba giren mikroorganizmalar hem aerobik hem de anaerobik koşullarda üreyebilme mekanizmasına (enzimatik sisteme) sahiptir. 
  • Anaerobik mikroorganizmalar: Anaerobik mikroorganizmalar, oksijenin bulunmadığı ortamlarda gelişebilir. Oksijen bunlar için zehirleyici tesir yapar. 
  • Mikroaerofilik mikroorganizmalar: Bu mikroorganizmalar havada bulunan orandaki kadar oksijen içeren ortamlarda gelişemeyip oksijen oranı %1–5’e kadar düşürülmüş veya havasına %5–10 CO2 katılmış yerlerde üreme olanağına sahiptir. Bunlar anaerobik değildir, böyle koşullarda da gelişemez. 
➧Sıcaklık ihtiyaçlarına göre sınıflandırma 
  • Psikrofil (soğuk seven) mikroorganizmalar 
  • Mezofil (ılık seven) mikroorganizmalar 
  • Termofil (sıcak seven) mikroorganizmalar  
➧Karbon kaynağına göre sınıflandırma 
  • İnorganik karbondan yararlananlar (Ototrof): Bu grupta bulunan mikroorganizmalar, kendisi için gerekli olan karbonu inorganik karbonlu bileşiklerden (CO2 gibi) elde eder. 
  • Organik karbondan yararlananlar (Heterotrof): Bu tür mikroorganizmalar, karbon kaynağı olarak organik bileşiklerden (karbonhidrat, amino asit, vitamin vs.) yararlanır. İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturan mikroorganizmaların birçoğu bu gruptadır.
Mikroorganizmaların İsimlendirilmesi 
Mikroorganizmaların isimlendirilmesi ve bunun belli bir düzen ve kurala bağlanması, pratik yönden büyük yarar sağlamaktadır. Aksi hâlde her araştırıcı bulduğu mikroorganizmaya kendine göre bir isim verecek böylece aynı mikroorganizmanın birçok değişik adı olacaktır. Bu durum, mikroorganizmaların tanımlanmasında büyük karışıklıklara yol açacaktır.
Mikroorganizmaların bilimsel adları iki kelimeden oluşmaktadır. İlk kelime cinsini ikinci kelime ise türünü göstermektedir. İlk kelime büyük harfle başlanarak ikinci kelime küçük harfle yazılır. Cins ismi genellikle mikroorganizmayı bulanın adını veya morfolojik, fizyolojik veya diğer karakterlerini gösteren bir kelimeden oluşabilmektedir. Tür adı ise mikroorganizmanın çeşitli karakterlerini yansıtmaktadır (koloni rengi, yerleştiği yer, oluşturduğu hastalık, biçim vs.).
 Her iki ismi de italik harflerle veya koyu renkte ya da altları çizilerek yazılır. Öreğin; Bacillus cereus, Staphylococus aureus, Proteus vulgaris, Salmonella typhi vs. 
Cins isim, ilk veya birkaç harfi yazılarak kısaltılabilir. Örneğin, B. cereus, S. typhi, Staph. aureus (S. aureus), Pr. vulgaris (P. vulgaris) gibi. Ancak son yıllarda cins ismi olarak sadece tek harf kullanma eğilimi yaygın bir duruma gelmiştir.
Mikroorganizmaların Gelişimlerine Etki Eden Faktörler 
Mikroorganizmaların gelişimleri ortam sıcaklığı, pH, nem, ozmotik basınç, radyasyon, yüzey gerilimi, besin çeşitliliği ve miktarları gibi birçok faktörün etkisi altındadır. Bu etkenlerden her birinin mikroorganizmanın gelişebildiği minimum (en düşük), maksimum (en yüksek) ve optimal (ideal=en uygun) değerleri vardır. Mikroorganizmaların en hızlı üreyip gelişebildikleri en uygun şarta optimal (ideal) değer denir. Optimal ısı, optimal pH, optimal nem gibi… Mikroorganizmaların cins ve türüne bağlı olarak besin ve ortam istekleri farklılıklar göstermektedir. 
Ortam sıcaklığı 
Mikroorganizmaların üremelerini büyük ölçüde etkiler. Mikroorganizmalar, kendi türlerine özgü farklı ısı derecelerinde ürer. Minimum ve maksimum sınırlar arasında en iyi üreme gösterdikleri ısı derecesine optimal ısı denir. Optimal ısı, her zaman maksimuma daha yakındır. Mikroorganizmalar, maksimum ısının üzerinde içlerindeki proteinlerin denatüre olması sonucunda ölürler. Mikroorganizmalar, soğuğa sıcaktan daha fazla dayanır. Minimal sıcaklığı geçince üremeleri duran mikroorganizmaların bu limit çok aşılsa bile ölmedikleri görülür. 
Radyasyon
 Boşlukta veya materyal bir ortamda enerjinin dalgalar hâlinde yayılması olayıdır. Mikroorganizmaların gelişimlerini olumsuz yönde etkiler, hatta ölümlerine sebep olur. Pratikte mikrobiyoloji alanında radyasyon; sterilizasyon, dezenfeksiyon yapma ve mutasyonlar oluşturmada kullanılır.
Su(nem) 
Mikroorganizmaların üremesinde, gıda maddelerinin içeri girişinde ve içeride biriken metabolitlerin ve diğer maddelerin dışarı çıkışında ve metabolik olaylarda çok önemli göreve sahiptir. Üreme ortamlarında bulunan gıda maddelerinin bakteriler tarafından alınabilmesi ancak bunların suda eriyebilir olmaları ile mümkündür ve su aracılığı ile bakteriye girer. Aynı şekilde bakteri içindeki enzim veya metabolitlerin dışarı çıkabilmesinde de su önemli rol oynar. Mikroorganizmaların gelişebilmesi için ortamda yeterli su miktarının bulunması gerekir.
Oksijen 
Oksijen ihtiyacı mikroorganizmaların türüne bağlı olarak değişiklik göstermektedir. Yaşamlarını sürdürebilmeleri için bazı türler oksijenli (Aerop) ortama, bazıları oksijensiz (Anaerop) ortama, bazıları ise az oksijenli (Mikroaerofil) ortama ihtiyaç duyarlarken bir grup mikroorganizma da her ortamda (Fakültatif) yaşamını sürdürebilmektedir. 
Ph 
Bir ortamın pH'ı, içinde bulunan hidrojen iyonların konsantrasyonu ile ölçülür. Bir sıvının pH'ı 1 ile 14 arasında değişir. Eğer pH = 1-6 arası ise asit, pH = 7.0 nötr ve pH = 8 ile 14 arası ise alkalidir. Asitlik 1'den 6’ya doğru azalır ve alkalilik ise 8'den 14'e doğru gittikçe artar. Diğer bir ifade ile bir sıvının pH'ı 7'den küçükse asit, büyükse alkalidir. Ortam pH'ı optimal sınırlar içinde olursa üreme ve gelişme sağlıklı gerçekleşir. Minimal ve maksimal pH limitlerine yaklaştıkça üreme azalır ve durur. Asit ortamı seven mikroorganizmalar (maya, küf, laktobasil, asetobakter vs.) yanı sıra alkali ortamlarda üreyenler de (mikoplazma, toprak bakterileri, V. cholera vs.) vardır. İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturanlar genellikle konakçının sıvı ve dokularının pH derecesinde (7.0-7.4) ürer. Patojen mikroorganizmaların üreme pH limitleri, apatojenlerden daha dardır. 
Osmotik Basınç 
Osmotik basınç yarı geçirgen zarla ayrılmış iki farklı ortamın içinde eriyen maddelerin konsantrasyonu ile ilişkilidir. Her iki tarafın osmotik basıncı veya eriyen maddelerin konsantrasyonu denkleşinceye kadar geçiş gerçekleşir, bu olaya osmosis denir. Mikroorganizmalar, içinde üredikleri sıvı ortamın osmotik basıncı ile kendi hücresi içindeki osmotik basınç arasında bir denge kurmuşlardır. Bu denge, yarı geçirici olan hücre membranları yardımı ile devam ettirilir. Mikroorganizmaların en iyi üreyebildikleri ortamın osmotik basıncı, bakteri içindeki ile aynı olduğu durumdur (isotonik). Böyle ortamlarda bakteri zarlarından giriş ve çıkış kolaylıkla olur ve bakteri gelişmesine ve üremesine devam eder. 
Eğer ortamın osmotik basıncı azalmış ise böyle durumlarda dışardan bakteri içine fazla sıvı girerek bakteriyi şişirir (plazmoptiz), olay devam ederse bakteriyi patlatır. Hipertonik, hiperozmotik ortamlarda ise bakterinin içinden dışarı fazla sıvının çıkması sitoplazmik membranın hücre duvarından ayrılarak büzülmesine ve ortada toplanmasına neden olur (plazmoliz). Mikroorganizmalar bulundukları ortamlarda optimal koşullar altında, iyi bir üreme ve gelişme gösterir. Ancak bu uygun şartlar, uzun süre devam etmez ve belli bir zaman sonra mikroorganizmaların üremeleri sınırlanır ve durur. Eğer olumsuz koşullar değiştirilmezse veya iyileştirilmezse mikroorganizma ölümleri başlar, giderek artar ve canlı mikroorganizma sayısında azalmalar meydana gelir. Ancak canlı kalmayı başarabilen mikroorganizmalarda da morfolojik bazı değişiklikler (şekillerinde bozukluklar) ortaya çıkar.
Mikroorganizmalarda Beslenme 
Organizmaların enerji sağlayabilmesi, gelişmesi, çoğalması ve yaşayabilmesi için beslenmesi ve bu nedenle de çeşitli gıda maddelerini alması gerekir. Bu maddelerin bir bölümü doğrudan ortamlardan sağlanmasına karşın bir kısmı da hücre içinde sentezlenir. Böylece yaşam için gerekli olan mikro ve makro moleküller hazırlanır ve gerekli yerlerde kullanılır. Mikroorganizmaların yapıları incelendiğinde kuru ağırlıklarının %95'inden fazla bir kısmını bazı temel elementlerin (karbon, oksijen, hidrojen, nitrojen, sülfür, fosfor, potasyum, kalsiyum, magnezyum ve demir) oluşturduğu görülür. Bunlara aynı zamanda fazla gereksinim duyulur ve bulundukları ortamdan fazla miktarlarda alınır. Bu maddelere makro element adı da verilmektedir. Mikroorganizmalar tarafından daha az ihtiyaç duyulan maddeler de bulunmaktadır. Bunlar, mikro element olarak adlandırılmaktadır. Bunlar arasında manganez, çinko, kobalt, molibden, nikel ve bakır bulunmaktadır.



INSTAGRAM

15 Kasım 2018 Perşembe

Kasım 15, 2018

Mikrobiyoloji Laboratuvarında Çalışma Kuralları

Mikrobiyoloji Laboratuvarında Çalışma Kuralları

Mikrobiyoloji laboratuvarında çalışma konusu mikroorganizmalardır. Mikroorganizmaların bir kısmı hastalık yapıcı özelliğe sahiptir. Laboratuvar çalışmalarında çalışma kurallarına uyulmadığı takdirde bu mikroorganizmalar önce çalışana, daha sonra da çevresindeki insanlara bulaşabilir.
Mikrobiyoloji laboratuvarında çalışan kişilerin ilk hedefi, kendilerini olabilecek bulaşmalardan korumaktır. Bu amaçla aşağıda sayılmış olan önlemlerin alınmış olması ve çalışma kurallarına uyulması gerekmektedir:
➤Laboratuvar havası toz içermemelidir.
➤Laboratuvara çamurlu veya tozlu ayakkabı ile girilmemeli, mümkünse ayakkabılar temizlenmeli veya dışarıda bırakılmalı ve temiz bir ayakkabı giyilmelidir.
➤Laboratuvara girerken beyaz (veya diğer renkte) bir önlük giyilmeli, çalışma bittikten sonra da çıkarılmalı ve laboratuvarda özel yerine asılmalıdır. Önlük dışarı çıkarılmamalıdır.
➤Laboratuvara özel eşya (palto, kitap, defter, vs.) ile girilmemelidir.
➤Laboratuvara yemek getirmek, laboratuvarda yemek yemek, sakız ve çiklet çiğnemek, ıslık çalmak, sesli konuşmak, şarkı söylemek gibi davranışlar doğru değildir. Çay ve sigara da içilmemelidir.
➤Laboratuvar masalarının üzerine oturulmamalıdır.
➤Laboratuvara ziyaretçi sokulmamalıdır. Eğer zorunluluk varsa, ayakkabılarının üzerine galoş geçirilmeli ve onunla laboratuvara girilmelidir.
➤Çalışma masalarının üzeri, çalışmaya başlamadan önce ve çalışma bittikten sonra dezenfektan bir madde ile silinmelidir (%0.5 formol, %5 lizol, vs.).
➤Çalışma masasının üzerinde, gereksiz eşya bulundurulmamalıdır.
➤Çalışırken elleri ağza, buruna, yüze veya göze sürmemeli ve kalem, kâğıt, iplik, etiket vs. ağza götürülmemelidir.
➤Mikroorganizma içeren tüp veya petri kutuları ağzı açık olarak masa üzerine bırakılmamalıdır.
➤Gömlek ceplerine sıvı veya katı kültür ihtiva eden tüp veya petri kutusu konulmamalıdır.
➤Ekim yaparken veya çalışırken pencereler kapalı olmalı, konuşulmamalı, lüzumsuz el kol hareketleri yapılmamalıdır.
➤Etrafa mikroplu bir madde sıçrayınca veya kültür tüpleri kırılınca, üzeri dezenfektan bir maddeye batırılmış pamukla örtülmeli ve uygun bir etki süresinden sonra toplanarak alınmalıdır. Böyle durumlarda laboratuvar sorumlusuna hemen haber verilmelidir.
➤Çalışma bittikten sonra kullanılmış tüp, pipet, kâğıt, pamuk vs. malzemeler kendilerine ait kaplara konulmalıdır.
➤Kullanılan lâm ve lâmeller, içinde dezenfektan bir madde bulunan özel kaplara veya kavanozlara konulmalıdır.
➤Öze veya iğneler kullanılmadan önce iyice sterilize edilmeli (yakılmalı), soğuduktan sonra kullanılmalı ve tekrar yakıldıktan sonra yerine konulmalıdır.
➤Çalışma bittikten sonra eller önce sabunlu su ile yıkanmalı ve sonra dezenfektan bir madde ile dezenfekte edilmelidir.
➤Pipetlerin steril olması ve ağıza gelen kısmında pamuk bulunması gereklidir. Pamuksuz olanlar, kâğıt sargısından ucu dışarı çıkanlar ve kâğıt sargısı açık olan pipetler kullanılmamalıdır. En iyisi manuel çalışan (yarı otomatik) pipetler tercih edilmelidir.
➤Pipetle tehlikeli sıvı çekerken pamuğa kadar çekilmemeli ve arada 6–7 cm’lik bir güvenlik boşluğu bırakılmalıdır. En iyisi puar kullanılmasıdır.
➤Çalışmanın özelliğine göre steril kabin kullanılmalıdır.
➤Sterilitesinden şüphe edilen malzemeler kullanılmamalıdır.
➤Enfekte bir materyali havanda ezerken, başlık, gözlük, burun maskesi ve eldiven kullanılmalıdır.
➤Laboratuvarda kullanılan malzeme ve maddelerin kırılmaması, bozulmaması için gerekli özen ve tedbirler alınmalıdır.
➤Mikroskop, pH metre, terazi, su banyosu, santrifüj gibi sık kullanılan araçlar dikkatli kullanılmalı, kullanılmadan önce ve sonra temizlenmelidir.
➤Etüv, buzdolabı ve dipfrize konacak tüp, petri kutusu vs. malzemelerin üzerine gerekli bilgiler okunaklı şekilde yazılmalı veya etiketlenmelidir. Silinmiş olanlar, içerisinde ne olduğu bilinmeyen kaplar imha edilmelidir.
➤Laboratuvardan ayrılırken gömlek, başlık, maske ve eldiven çıkarılmalı eldivenler dezenfektan içine, diğerleri ise sterilizasyon için kendilerine ait yerlere konulmalıdır.
➤Laboratuvarlarda sinek veya böcek bulunmamalıdır. Mikrop taşıyarak tehlikeli olabilir.
➤Çalışma bittikten sonra her şey yerine konulmalıdır. Hava gazı, elektrik, su ve vakum muslukları kapatılmalıdır.
➤Çalışırken dağınık olmamalı, temiz, derli toplu ve bilinçli olmalı ve aseptik koşullara azami derecede riayet edilmelidir.
➤Çalışma programı bir gün önceden veya laboratuvara girmeden önce hazırlanmalıdır.
➤Laboratuvardan dışarı herhangi bir tehlikeli kültür veya materyal çıkarılmamalıdır.
➤Yapılan bütün çalışmaların kayıtları doğru ve zamanında tutulmalıdır.


INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

IMG_8811

14 Kasım 2018 Çarşamba

Kasım 14, 2018

Endospore Staining

Endospore Staining

Endospore production is a very important characteristic of some bacteria, allowing them to resist adverse environmental conditions such as desiccation, chemical exposure, extreme heat, radiation, etc. The identification of endospores is also very important for the clinical microbiologist who is analyzing a patient's body fluid or tissue-there are not that many spore-forming genera. In fact, there are two major pathogenic spore-forming genera.


Purpose:  
The endospore stain is a differential stain which selectively stains bacterial endospores.


How it works:
 Bacterial endospores are metabolically inactive, highly resistant structures produced by some bacteria as a defensive strategy against unfavorable environmental conditions. The bacteria can remain in this suspended state until conditions become favorable and they can germinate and return to their vegetative state. The primary stain applied is malachite green, which stains both vegetative cells and endospores.  Heat is applied to help the primary stain penetrate the endospore.    The cells are then decolorized with water, which removes the malachite green from the vegetative cell but not the endospore.  Safranin is then applied to counterstain any cells which have been decolorized.  At the end of the staining process, vegetative cells will be pink, and endospores will be dark green.  
(Note:  Endospore stains are performed on smears that have been heat-fixed.) 
Overview of endospore-staining process:


IMG_8811

11 Kasım 2018 Pazar

Kasım 11, 2018

Kapsül Boyama

 Kapsül Boyama

Kapsülün boyanarak incelenmesinde Muir, His veya Antony yöntemleri kullanılır. His metodunda boyama işlemi aşağıda belirtilen işlem basamakları takip edilerek yapılmaktadır. 

 
➤Temiz bir lamın ortasına bir damla saf su veya FTS konur (sıvı kültürlerden preparat hazırlanacaksa kültür yoğunluğuna bağlı olarak buna gerek görülmeyebilir.). 
➤Kültürden öze ile alınan örnek, su damlası yanında ezilerek su damlası ile azar azar karıştırılır. 
➤Lamın üzerine ince bir tabaka halinde ve yavaşça (etrafa sıçratmadan) yayılır. 
➤Havada kuruması sağlanır. 
➤Preparatın üzerine kristal viyole boya çözeltisi eklenerek kaplanır ve 1–2 dakika bekletilir. 
➤Preparat %20’lik bakır sülfat çözeltisi ile yıkanır. 
➤Preparat havada kurutulur. 
➤Mikroskopta incelenir. Mikroskopta incelenirken kapsül açık mavi,  bakteri hücresi ise koyu mor renkte görülür. 

INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

IMG_8811