BESİYERİ HAZIRLAMA

Besiyeri Hazırlık Aşamaları

İnsan bağırsağında yaşayan Shigella basilleri, maymunlar dışında sadece insanlarda hastalık meydana getirir. Shigella cinsi içinde Shigella dysenteriae (en ağır seyirli olan), Shigella flexneri, Shigella boydii, Shigella sonnei olmak üzere 4 tür bakteri bulunur.


Morfolojisi

Shigella hareketsiz, sporsuz, kapsülsüz, gram negatif (-) basildir. Hareketsiz olmaları ile Salmonellalardan ayrılır; bakteriyolojik boyalarla kolay boyanır, Shigella flexneri'nin bazı tipleri dışında, Shigella basillerinde fimbria yoktur.


Üreme Özellikleri

Shigella, aerob veya fakültatif anaerob bakteridir. Optimal üreme ısısı 37oC‟dir; ancak 8-40 oC‟de de üreyebilir. Optimal pH‟sı 7.2-7.4‟dür. Gaita içinde bulunan koliform bakteriler tarafından hızla asitleştirildiği için birkaç saatte ölür. Dış ortam koşullarında oldukça dirençlidir. Isıya, güneş ışığına ve antiseptiklere dirençli değildir. Klorlu sularda harap olur. Adi besiyerinde kolay ürer, buyyonda homojen bulanıklık yapar. Jelozde yuvarlak, hafif kabarık, düzgün yüzeyli, saydam, E.coli kolonilerine benzer S tipi koloni oluşturur. Shigella sonnei kolonileri, diğerlerine göre daha büyüktür. Endo, EMB, MacConkey besiyerlerinde renksiz koloni oluşturur. S.sonnei hariç, laktoz negatiftir (-).TSİ besiyerinde asit yapar, gaz oluşturmaz, H2S yapmaz, üre ve sitrat negatiftir. Shigella dysenteriae hariç, diğer Shigellalar mannit (+) tir.
                                       

Morfolojisi 
 Salmonella typhi genellikle hareketli, sporsuz, kapsülsüz, gram (-) basildir. Salmonella pullonum ve Salmonella gallinarum bu gruba ait hareketsiz bakteridir. Bakteriyolojik boyalarla iyi boyanır. Salmonella paratyphi A hariç çoğunda fimbria bulunur.
 Üreme Özellikleri 
Salmonella typhi, aerop veya fakültatif anaerop basildir. Optimal üreme ısısı 37oC olmakla birlikte 20-40oC‟de de üreyebilir. Optimal pH‟sı 7.2-7.4‟dür. Kuruluğa, gün ışığına ve antiseptiklere duyarlıdır.  Soğuğa, nemli ortamlara ve malaşit yeşili gibi bazı boyalara çok dirençlidir. Soğukta aylarca canlı kalabilir. Buyyon vb. sıvı besiyerinde homojen bulanıklık yapar. Jeloz besiyerinde 2 3mm çapında yuvarlak, kabarık, düzgün yüzeyli, düz kenarlı koloni yapar. Salmonella typhi bazen ilk 24 saatte 0,2 - 0,3mm çapına ulaşabilen cüce koloniler de yapabilir. Laktoz (-) oldukları için EMB ve ENDO agarda renksiz koloniler oluşturur. S, R, ve M tipi koloni yapabilir. Salmonella paratyphi A dışında  çoğu, H2S üretir; üreyi parçalamaz. Salmonella typhi hariç glikozu gaz yaparak asit oluşturur. İndol (-), Voges-Proskauer (-), metil kırmızısı pozitifdir.

Escherichia coli (commonly abbreviated E. coli) is a Gram-negative, facultative anaerobic, rod shaped bacterium that is commonly found in the lower intestine of warm-blooded organisms (endotherms). Most E. coli strains are harmless, but some serotypes can cause serious food poisoning in humans, and are occasionally responsible for product recalls due to food contamination. The harmless strains are part of the normal flora of the gut, and can benefit their hosts by producing vitamin K, and by preventing the establishment of pathogenic bacteria within the intestine.

E. coli and related bacteria constitute gut flora, and fecal – oral transmission is the major route through which pathogenic strains of the bacterium cause disease. Cells are able to survive outside the body for a limited amount of time, which makes them ideal indicator organisms to test environmental samples for fecal contamination.

The bacterium can be grown easily and inexpensively in a laboratory setting, and has been intensively investigated for over 60 years. E. coli is the most widely studied prokaryotic model organism, and an important species in the fields of
 and microbiology, where it has served as the host organism for the majority of work with recombinant DNA.


MORPHOLOGY

E. coli is Gram-negative, facultative anaerobic and non-sporulating. Cells are typically rod-shaped, and are about 2.0 micrometers (μm) long and 0.25-1.0 μm in diameter, with a cell volume of 0.6–0.7 μm. It can live on a wide variety of substrates. Strains that possess flagella are motile. The flagella have a peritrichous arrangement.


CULTURAL CHARACTERISTICS

Escherichia coli or E.coli cells may grow on a solid or in a liquid growth medium under a laboratory condition. Solid and liquid media may have exactly the same composition except that the solid medium contains an extra 1.5% agar. Different E.coli clones may have different properties. Colonies growing on solid media represent different clones.


BIOCHEMICAL REACTIONS

E. coli uses mixed-acid fermentation in anaerobic conditions, producing lactate, succinate, ethanol,  acetate and carbon dioxide. Since many pathways in mixedacid fermentation produce hydrogen gas, these pathways require the levels of hydrogen to be low, as is the case when E. coli lives together with hydrogenconsuming organisms, such as methanogens or sulphate-reducing bacteria.

CLICK FOR IMVIC AND TSI 
https://microbiologylaboratoryturkey.blogspot.com/2018/10/triple-sugar-iron-tsi-agar_4.html
https://microbiologylaboratoryturkey.blogspot.com/2018/09/imvic-test-test-methyl-red-test-voges.html
Gram Staining
https://microbiologylaboratoryturkey.blogspot.com/2018/09/gram-staining.html

LABORATORY DIAGNOSIS

E. coli infections can be diagnosed by the detection of E. coli in a laboratory test of your stool, urine, blood or other relevant sample. Infections with some types of E. coli, e.g. E. coli O157, can be detected by a serum antibody test.
Specimen used in lab for E.coli are

1. Urine
2. Stool

Culture
1. Isolation media- a) nutrient agar, b) MacConkey’s agar c) eosin- methylene
blue agar


Treatment of E coli infection

Patients, especially healthy adults, often require no treatment for E. coli O157:H7 since many infections are self–limited. Moreover, if required can be treated according to antibiotic sensitivity pattern.

Üreme Özellikleri 

Escherichia coli fakültatif anaerobdur, optimal üreme ısısı 37oC‟dir.15-45 oC‟de de üreyebilir. Özellikle 44oC‟de üreyebilmesi, benzer bazı bakterilerden (örneğin: Enterobacter) ayırt edici bir özelliktir. Optimal pH‟sı 7.2‟dir. Dış ortam şartlarına oldukça dirençlidir. Dezenfektanlar klor, oksijenli su, malaşit yeşili ve safra tuzlarına karşı  dirençsizdir. Buyyon, jeloz gibi adi besiyerlerinde ürer. Buyyonlu besiyerinde homojen bulanıklı ve yüzeyde bir zar oluşturur. Jeloz besiyerinde hafif kabarık, yuvarlak, düzgün S tipi koloni oluşturur. E.coli kolonileri genelde dışkı kokusu verir. Laktoz (+) dir. E.coli‟nin izolasyonunda laktoz içeren EMB agar (Eosine-Methylene-Blue agar), SS agar  (Salmonella-Shigella agar), Endo agar, Mc-Conkey agarlarından biri mutlaka kullanılmalıdır. Bu besiyerlerinde E.coli basilleri madeni parlaklık veren yeşil veya kırmızı koloniler oluşturur. Bu açıdan teşhiste IMViC testleri önemlidir. Üreyi parçalamaz, H2S yapmaz.






Antijenik Özellikleri 

E.coli‟nin iyi bir antijenik yapısı ve değişik antijen tipleri vardır. Genel olarak enterik bakterilerde bulunan O ve H antijenlerinden başka K, M ve pilus (fimbria) antijeni bulunur. K antijeni bakterinin virülansını artırır. Komplemanı inhibe ederek bakterisidal (bakterisit) etkiyi ve opsonizasyonu  (Vücuda giren bakterilerin opsonin adı verilen salgı maddelerince kaplanması ve makrofajlar tarafından fagositozunun kolay hale getirilmesi.) önler. Bu durumda bakterinin oluşturacağı enfeksiyona, organizma yeterince yanıt veremez. Pilus antijeni, bakterinin hücreyi girip tutunmasını sağlar. O antijeni de K antijeni gibi   bakterinin virülansını artırır.  



Yaptığı Hastalıklar 

E.coli, insanlarda bağırsak flora bakterisi olmasına rağmen fırsatçı patojen özelliği ile belli şartlarda çeşitli hastalıklara neden olur. Bu hastalıklar iki gruba ayrılır. 
➧ Bağırsaklarda oluşturduğu hastalıklar 
⇨ Enteropatojenik E.coli (EPEC) 
⇨ Enteroinvaziv E.coli (EĠEC) 
⇨ Enterotoksijenik E.coli (ETEC) 
⇨ Enterohemorajik E.coli (EHEC) 
⇨ Enteroaggregatif E.coli (EAggEC) 

➧ Bağırsak dışında oluşturduğu hastalıklar 
⇨ Üriner yol enfeksiyonları. (komplike olmayan üretrit, sistit, pyelonefrit) 
⇨ Solunum yolu enfeksiyonları. (pnömoni, ampiyem) 
⇨ Yeni doğanın menenjiti, bakteriyemi, otit, septisemi, yara enfeksiyonları. 




 Laboratuvar Teşhisi  

➧ İnceleme örnekleri: Gaita, idrar, kan, BOS, cerahat, sürüntü örnekleri.  
➧ Teşhis yöntemleri 
➠ Mikrobiyolojik örneğin direkt mikroskobik incelemesi; hazırlanan preparat, gram boyasıyla boyanarak mikroskopta incelenir. Gram (-) basillerin görülmesi, kesin teşhis için yeterli değildir. 
➠ Kültür; inceleme örnekleri adi jeloz, kanlı jeloz, EMB, MacConkey, Endo, SS gibi besiyerlerine ekilerek kolonilerinin rengi, hemoliz yapıp yapmadığı incelenir. şüpheli kolonilerden alınarak saf kültürü yapılır.  
➠ Tipik koloni oluşturan bakterilerin identifikasyonu için biyokimyasal özellikleri, IMViC reaksiyonları, hareket durumu incelenir. 

TSI
https://microbiologylaboratoryturkey.blogspot.com/2018/10/triple-sugar-iron-tsi-agar-glikoz.html
IMVIC TEST
https://microbiologylaboratoryturkey.blogspot.com/2018/09/imvic-test.html
GRAM BOYAMA
https://microbiologylaboratoryturkey.blogspot.com/2018/09/gram-boyama.html

Microbiology is the study of small living things. Generally this means living things that are too small to see without the use of a microscope. These life forms are called microorganisms or microbes. Microorganisms include bacteria, archaea (a type of prokaryote a bit like bacteria but they have a distinct evolutionary origin), viruses, protozoa (single-cell eukaryotes like amoeba), microscopic fungi and yeasts, and microscopic algae (plant-like organisms). Microorganisms were discovered over three hundred years ago and it is thought that many new microbes have yet to be discovered. Microbiology is a wide area of science that includes bacteriology, virology, mycology, phycology, parasitology, and other branches of biology.

Most living things can be classified into prokaryotes or eukaryotes depending on whether their nuclear material (for example DNA) is surrounded by a membrane or not. Archaea and bacteria are prokaryotes. Most animals (including humans) and plants are eukaryotes. Protozoa, fungi, yeasts, and algae are eukaryotes. Viruses are a little different. Traditional classification systems do not classify viruses as living organisms. However in practise they are considered microorganisms. The study of viruses is called virology.

Microbiology therefore includes the study of both prokaryotic and eukaryotic microorganisms. In practise the majority of microbiology is concerned with bacteria and/or viruses although eukaryotic microbiology is also a very important branch of microbiology. Many diseases of animals (including humans) and plants are caused by bacteria, viruses, amoeba, and fungi. Bacteria are important in probiotics, they are used in food production (e.g. yoghurt and cheese) and biotechnology. Yeasts and fungi are important in food and drink production (e.g. wine, beer, bread) and are also used to produce important pharmaceuticals (e.g. antibiotics).

Microbiology science resource at Microbiology. Probiotics science resource at Probiotics and current topics on microbiology research at the Microbiology Blog.