Microbiology Laboratory Turkey

Mikrobiyoloji Ile Ilgili Tüm Konuların Kısa ve Öz Anlatımları. Microbiology Lab Information.

Bu Blogda Ara(SEARCH)

MicroLab

gram pozitif etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
gram pozitif etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

5 Aralık 2018 Çarşamba

Aralık 05, 2018

ARB Boyama

ARB Boyama

Bazı bakteri türleri hücre duvarlarındaki farklı özelliklerinden dolayı asitlere karşı daha dirençlidirler. Aside dirençli bakterilerin hücre yapısında diğer bakterilere göre daha fazla lipit bulunur. Ayrıca hücrenin etrafında balmumumsu bir tabaka vardır. Tüberküloz, lepra basili, nokardialar ve diğer mikobakteriler bu gruba girer. 


Aside dirençli bakteriler diğer boyama yöntemleri ile kolay boyanamazlar. Boyanmaları için fenollü ve yoğun boya eriyiklerinin uzun süre ya da sıcaklık etkisi ile uygulanması gerekir. ARB boyama tüberküloz (verem) hastalığının tanısında en hızlı, ucuz ve pratik bir yöntemdir.
Preparat hazırlama aşaması, personel ve çevreyi korumak için güvenlik kabini içinde yapılmalıdır. Hazırlanan preparat korunaklı bir yerde kurutulmalı, tespit işleminden sonra da basilin canlı kalabileceği unutulmamalıdır.


ARB boyamada yaygın olarak kullanılan üç farklı yöntem vardır: İkisi karbol fuksin esaslı olan “Ziehl-Neelsen” ve “Kinyoun” boyama, üçüncüsü ise “florokrom” boyamadır. Florokrom boyama daha duyarlı ve daha az zaman alıcı bir yöntem olmakla birlikte, daha pahalı laboratuvar donanımı (floresan mikroskop ve boyalar) ve tecrübeli personel gerektirmesi nedeniyle sınırlı olanaklara sahip laboratuvarlar için pek uygun değildir. Ayrıca Florokrom boyama yöntemi ile pozitifliği saptanan örneklerde de EZN boyama yöntemi ile teyit edilmesi önerilmektedir. 

Ehrlich Ziehl-Neelsen (EZN) ve Kinyoun yöntemlerinde birinci boya olarak karbol fuksin, zıt boya olarak metilen mavisi kullanılır. Bu nedenle aside dirençli hücreler mavi zeminde pembe-kırmızı renkte görünürler.
EZN boyama metodu, ARB boyama yöntemlerinden en sık kullanılanıdır. EZN boyama yönteminde aşağıdaki işlemler sırasıyla uygulanır: 

  • Bakteri kültürü ile preparat hazırlanır (yayma, kurutma ve tespit). 
  • Preparatlar boya sehpası üzerine dizilir. Preparatlar arasında belirli bir aralık bırakılmalıdır. Preparatların birbiriyle temas etmesi çapraz kontaminasyona yol açabilir. 
  • Preparatın üzerine bütün lamı kaplayacak şekilde karbol fuksin boya solüsyonu damlatılır. 
  • Preparat alttan 5 dakika boyunca ısıtılır (Isıtma işlemi, bunzen beki veya pamuklu tel ile yapılabilir. Bunun için yaklaşık 30 cm uzunluğundaki bir telin ucuna pamuk sarılır ve bastırılarak sıkılaştırılır. Pamuk alkole batırıldıktan sonra yakılır, lamların altlarında gezdirilerek ısıtma işlemi gerçekleştirilir. Isıtma öyle olmalıdır ki boyadan buhar çıkmalı ama kesinlikle kaynamamalıdır. Lamın üstünde buharlaşmadan dolayı boyasız yer görülürse hemen boya ilave edilmelidir.) 
  • Preparatların soğuması beklenir. Soğuyunca üzerindeki boya akıtılır. Preparatlar sudan geçirilerek geride kalan boya artıkları uzaklaştırılır. 
  • Preparat asit-alkol karışımı ile dekolorize edilir (Preparatların üzeri asit-alkol ile kaplanır, bir süre bekletildikten sonra asit-alkol akıtılır, preparat sudan geçirilir. Bu işlem boya akmayıncaya kadar ‘en fazla 3 dakika’ sürdürülür. Preparatlar üzerinde kalan fazla su akıtılarak maksimum düzeyde uzaklaştırılır.) 
  • Tekrar boyama sehpasına koyulan lamların üzeri metilen mavisi ile kaplanır. 1 dakika beklenir. 
  • Boya dökülür ve distile su ile yıkanır. 
  • Havada (Kurutma sehpasına dizilerek) kurutulur ve mikroskopta incelenir. Aside dirençli bakteriler pembe-kırmızı renkte, diğer mikroorganizmalar ise mavi renkte görülürler. Preparatlar tamamen kurumadan incelemeye alınmamalıdır. Boyanmış preparatlar, aside dirençli basillerin renginin solmaması için güneş ışığından korunmalıdır. 


INSTAGRAM


0
By on Hiç yorum yok:
Etiketler: , , , , , , , , , , , ,

2 Kasım 2018 Cuma

Kasım 02, 2018

Basitracin Testi (Bacitracin Test)

Basitracin Testi (Bacitracin Test)

Basitrasin testi, A grubu beta hemolotik Streptococcusları diğer Streptococcuslardan ayırt etmek için yapılan bir testtir. 
Testin yapılış tekniği; 


➤Streptococcus şüphesi olan koloniler öze ile alınarak glikozlu buyyonda, homojenize edilir.  
➤Buyyondaki karışımdan eküvyon yardımıyla alınıp %5‟lik kanlı agar besiyerine homojen bir şekilde yayılır. 
➤0.04 ünitelik basitrasin emdirilmiş bir disk, besiyerinin ortasına yerleştirilir.  
➤Besiyeri, 37oC'de 18-24 saat etüvde inkübe edilir. 
➤Disk etrafında zon oluşması, bakterinin basitrasine duyarlı olduğunu ve büyük olasılıkla A grubu beta hemolotik Streptococcus varlığını gösterir. 
Basitrasin testinde disk etrafında zon oluşumu 



INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

0
By on Hiç yorum yok:
Etiketler: , , , , , , , , , , , , , ,

1 Kasım 2018 Perşembe

Kasım 01, 2018

Optokin Testi

 Optokin Testi (Optochin Test)

Optokin testi, Streptococcus pneumoniae'yı diğer alfa hemolotik Streptococcus'lardan ayırt etmek için yapılır. 
Testin yapılış tekniği;


  • Koyun kanlı agar besiyerinde üreyen bakteri kolonileri üzerine optokin maddesi içeren kağıt disk yerleştirilir. 
  • Etüvde, 37 oC'de 18-24 saat inkübe edilir.
  • Disk etrafında oluşan zonun çapı ölçülerek değerlendirilir. Kullanılan diske göre; 
➤6 mm çaplı disk  ≥ 14mm 
➤10mm çaplı disk  ≥ 16mm 
➧Çıkan değerler, optokine duyarlı anlamına gelir. Bu durumda etkenin, Streptococcus pneumoniae olduğu düşünülür. 
Optokin testinde zon oluşumu 

INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

0
By on Hiç yorum yok:
Etiketler: , , , , , , , , , , , , , ,

26 Ekim 2018 Cuma

Ekim 26, 2018

BACTERIA

WHAT IS BACTERIA

A bacterium is a single-celled (unicellular) microorganism that does not have a nucleus or any other membrane-bound organelles. Bacteria are sometimes called 'prokaryotes.' In Greek, 'prokaryote' literally means 'before the nut' (where 'the nut' is the nucleus.)

Bacteria adapt to become well-suited to their environments, and therefore come in many shapes and forms. However, they all have a few parts in common.
BACTERIA
  • Capsule: A protective, often slimy, coating, often of sugars, that helps to protect the bacterium. It also makes bacteria virulent. This means the bacteria is more likely to cause disease, since it aids the cell in survival against attack. For example, the bacteria may survive an attack from the human body's immune system.
  • Cell wall: In bacteria, the cell wall is usually made of peptidoglycan, a protein and sugar compound. This structure gives the cell some rigidity and protection.
  • Cell membrane: As in most cells, the bacterium's plasma membrane acts by coordinating the passage of molecules into and out of the cell.
  • Cytoplasm: Again, as in many cells, the cytoplasm serves as a medium through which molecules are transported, as well as a system to maintain conditions (like temperature and pH) that are best for the cell.
  • Ribosomes: The main site for the bacterium's protein synthesis.
  • Nucleosome: A basic unit of chromatin, which won't be covered in this lesson.
  • Nucleoid: This is the region where the bacterium's DNA is located. Again, it's not the same as a nucleus because it's not surrounded by a membrane.
  • Flagellum: In many bacteria, a flagellum is present, and is the means by which the cell moves around.

 Classification
Because bacteria are so diverse in both form and habitat, biologists have struggled with their classification, (also called their 'taxonomy.') For many years, bacteria were called 'monerans,' and placed in a kingdom of the same name. Although you still might hear bacteria referred to as monerans, it's not a term currently accepted among biologists.
Life is now classified into three domains; a domain is a taxonomic level that is higher than a kingdom, and based on an organism's DNA. Bacteria is one of these domains, while the others are eukarya, composed of organisms that have nucleated cells, and archaea, composed of unicellular prokaryotes, many of which have evolved to exploit extreme environments. Organisms in the archaea domain were originally considered a type of bacteria - known as archaebacteria - but scientists have since reclassified them. In this image, groups of archaea are indicated by green lines, and bacteria are in blue. Red lines indicate eukaryotes.

How we group bacteria
Scientists try to make sense of the sheer number and diversity of bacteria by grouping them in various ways. Here are just a few ways that are accepted in the scientific and medical communities:
Shape: Bacteria are usually one of three shapes. Cocci are round; bacilli are rod shaped; spirilla (also called spirochetes) are spiral.

INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

0
By on Hiç yorum yok:
Etiketler: , , , , , , , , , , , , , , ,

24 Ekim 2018 Çarşamba

Ekim 24, 2018

STAPHYLOCOCCUS SPP. (ENGLISH)

STAPHYLOCOCCUS SPP.

Staphylococcus bacteria are pathogens to both man and other mammals. They are gram positive bacteria that are small round in shape (cocci) and occur as clusters appearing like a bunch of grapes on electron microscopy.

Coagulase Reaction
Staphylococcus were earlier divided into two groups on the basis of their ability to clot blood plasma. The coagulase-positive staphylococci constitute the most pathogenic species S aureus. The coagulase-negative staphylococci (CNS) are now known to comprise over 30 other species. It is the CNS that is present as harmless bacteria on skin but some of these may cause infections as well.
These days coagulase reaction is no longer used to classify S.aureus. This is because coagulase is a marker for S aureus but there is no direct evidence that it is a virulence factor. Nevertheless, the term is still in widespread use among clinical microbiologists.
Proteins and Virulence
S. aureus expresses certain proteins and polysaccharides on its surface. This is correlated with virulence. Virulence is the effect of many factors expressed during infection. The bacteria also produce certain toxins. In the body antibodies neutralize staphylococcal toxins and enzymes.

 Taxonomy and Naming Conventions
At least 30 species of staphylococci have been recognized by biochemical analysis. This is especially so with DNA-DNA hybridization. Of these, 11 are found in humans as harmless bacteria on skin, in the nose and throat. These can cause disease and infections in certain situations.

 Identifications Under The Microscope
These bacteria are Gram positive (+) cocci about 0.5 – 1.0 μm in diameter. They are present as grape like clusters. They may also occur in pairs and occasionally in short chains. The clusters arise because staphylococci divide in two planes. This clustering helps to distinguish staphylococci from streptococci, which usually grow in chains.
Growing on solid medium colonies of S. aureus these appear as golden clumps.

 Catalase Test
This test helps to distinguish between streptococci (that is catalase-negative) and staphylococci (which are catalase positive). On an agar slant or broth culture of the bacteria several drops of 3% hydrogen peroxide are applied. Catalase-positive cultures bubble at once. This cannot be done on blood agar since blood itself will produce bubbles.

 Identification of Staphylococcus aureus
After sample from the lesions are taken, they can be stained with Gram stain. S. Aureus is Gram positive. The organism from the clinical specimen from blood culture or pus is then streaked over solid media such as blood agar, tryptic soy agar or heart infusion agar. If the specimen is suspected to be contaminated it is plated on mannitol salt agar containing 7.5% sodium chloride.

 Another test is production of thermostable deoxyribonuclease. S aureus can be confirmed by testing colonies for agglutination with latex particles coated with immunoglobulin G and fibrinogen which bind protein A and the clumping factor, respectively.

 Microscopically cells occur singly and in pairs, short chains, and grape-like clusters. The cell wall of the bacteria contains teichoic acid. Ribitol teichoic acid (Polysaccharide A) is present in Staphylococcus aureus. Protein A uniformly coats surface of S. aureus and is usually oxidase negative.

 INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

0
By on Hiç yorum yok:
Etiketler: , , , , , , , , , , , , ,

23 Ekim 2018 Salı

Ekim 23, 2018

STAPHYLOCOCCUS SPP. (TÜRKÇE)

STAPHYLOCOCCUS SPP.

Staphylococcuslar hareketsiz, sporsuz, genellikle kapsülsüz, gram pozitif (+) bakterilerdir. Mikroskobik incelemede; yuvarlak koklardan oluşmuş Staphylococcus hücreleri, üreme sırasında birbirinden ayrılmayıp 3 boyut yönünde çoğaldıklarından üzüm salkımına benzer kümeler halinde görünür. 

 Üreme Özellikleri 
Staphylococcuslar fakültatif anaerobdur. Optimal üreme ısıları 37oC, optimal pH'ları 7.27.4'tür. Kuruluğa, ısıya, çeşitli antiseptik ve dezenfektanlara birçok bakteriye göre daha  dayanıklıdır; ancak kristal viyole ve malaşit yeşili gibi boyalara hassastır. Adi besiyerinde kolay ürer. Bu besiyerlerine kan ve glikoz ilavesiyle bakterinin üremesi artar. Bu tür ortamlarda S tipi koloni oluşturur. Koloniler, üreme ortamında renkleri ile ayrıcalık gösterir ve bazı Staphylococcusların oluşturduğu pigmentin rengini alır. 
Staphylococcus aureus on Blood Agar

➤ İnsanlarda enfeksiyona neden olan başlıca Staphylococcus türleri şunlardır; 
➧ Staphylococcus aureus, en çok enfeksiyona neden olan patojen türüdür. 
➧ Staphylococcus epidermidis, üst solunum yolu ve derinin florasında bulunur; vücut direnci düştüğünde fırsatçı enfeksiyonlara neden olur. 
➧ Staphylococcus saprophyticus, normal florada bulunmaz. Vücut direnci düştüğünde başta üriner sistem enfeksiyonları olmak üzere fırsatçı enfeksiyonlara neden olur. 
Antijenik Özellikleri 
Staphylococcuslar, antijen yapıları bakımdan kesin bir özellik göstermez. Staphylococcus aureus'un tiplendirilmesinde faj tiplendirmesi kullanılır. Gerektiğinde serolojik tiplendirmelerden de yararlanılır. 
Staphylococcus aureus’un Toksin ve Enzimleri 
  • Hemolysin; eritrositleri hemoliz eden toksindir. 
  • Lökosidin; lökositleri öldürücü etki gösteren, fagositozu önleyen toksindir. 
  • Nekrotoksin; dokuları öldürücü etki gösteren toksindir. 
  • Fibronilizin; fibrini eritip bakteriyi hapsolmaktan kurtaran toksindir. 
  • Enterotoksin; besin zehirlenmesine neden olan toksindir 
  • Plazma koagülaz enzimi; pıhtılaşması önlenmiş kanın plazmasını pıhtılaştıran ve patojenliği gösteren bir enzimdir. 
  • Hyalüronidaz enzimi (yayılma faktörü); bakterinin doku içinde yayılmasını sağlayan enzimdir. 
  • Penisilinaz enzimi; penisilinin yapısını bozarak etkisini ortadan kaldıran enzimdir. 
  • Jelatinaz enzimi; jelatini eriten enzimdir. 

Yaptığı Hastalıklar 
➨Deri Enfeksiyonları; apse, fronkül (çıban), sivilce, impetigo (iltihaplı deri enfeksiyonu), kan çıbanı, hordeolum (arpacık), paronişya (dolama), yara, yanık ve cerrahi yara enfeksiyonları.  
➨Solunum Yolu Enfeksiyonları; anjin, akut veya kronik farenjit, sinüzit, otitis media, stafilokok pnömonisi. 
➨Ürogenital Sistem Hastalıkları; piyelonefrit, salpenjit, otitis media, endometrit, servisit, böbrek apseleri. 
➨Sinir Sistemi Hastalıkları; menenjit, artrit, osteomyelit, besin zehirlenmesi ve sepsis yapar. 

 Laboratuvar Teşhisi  
İnceleme örnekleri: Balgam, cerahat, BOS, kan . 
Teşhis yöntemleri 
➧Mikrobiyolojik örneğin direkt mikroskobik incelemesi; direkt preparat hazırlanıp gram boyasıyla boyanarak mikroskopta incelenir. 
➧Kültür; kanlı agara ekim yapılarak üreyen bakterinin koloni ve hemoliz özellikleri incelenir. İzole edilen bir Staphylococcusun Staphylococcus aureus olup olmadığı; jelatinli besiyerine ve chapman besiyerine ekim yapılarak belirlenir. 
➧Biyokimyasal testler; katalaz ve koagülaz testleri yapılır. 

INSTAGRAM
FACEBOOK 
TWITTER

0
By on Hiç yorum yok:
Etiketler: , , , , , , , , , , , , ,